長崎市の空き家バンクと売却の選び方

執筆: 上田隼平(宅地建物取引士)

長崎市の空き家バンクに載せるか、不動産会社に売却を任せるか、迷っている方も多いのではないでしょうか。長崎市の空き家バンクは、市が売買を仲介する制度ではなく、斜面地などで民間では流通していない物件が対象です。本記事では、宅地建物取引士が、長崎市の公式情報と国税庁・法務省・国土交通省の制度をもとに、売却・空き家バンク・解体・国への引き取りの4つを比べ、長崎市の戸建ての中央値(1,600万円)での税金の計算例も示します。

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1. 結論|空き家バンクは流通しにくい物件向け、一般に売れる空き家は売却を先に検討する

空き家の手放し方で最初に押さえるのは、次の3点です。

• 不動産会社が仲介できる空き家は、売却(仲介)を先に検討します。長崎市は、不動産業者が仲介しているなど一般に流通すると思われる物件は、空き家バンクの登録を断る場合があると案内しています。
• 斜面地などで民間では流通しにくい空き家は、空き家バンクが選択肢になります。ただし、市は売買や賃貸の契約に介入せず、成立も保証しません。
• どちらの場合も、相続した空き家は先に相続登記をします。空き家を放置して勧告を受けると、固定資産税の住宅用地特例が外れます。

当社は過去15年で戸建て111件を含む239件の売買を成約しています(2025年3月時点・自社集計)。取引エリアは長崎市中心部に限らず約80地域です。空き家のご相談も、まず成約事例で「民間の市場で売れる価格帯か」を確かめるところから始めます。

→ 関連記事: 【2025年版】長崎の不動産売却相場を徹底解説

2. 長崎市の空き家バンクとは|市は物件情報を紹介するだけで、契約には関わらない

長崎市の「空き家・空き地情報バンク」は、市内の空き家・空き地の情報を、市外から移住・定住を考える人や、市内で転居を考える人に紹介する制度です。

市の案内によると、内覧などを希望する利用者は事前の利用者登録が必要で、登録できるのは「市外に住んでいて、空き家等に定住しようとする人」と「市内に住んでいて、空き家等に転居しようとする人」の2区分です。申し込みから登録完了まで約2週間かかります。所有者が物件を登録するときは、物件の詳細を記載した登録申請書を提出し、登録した物件情報は市のホームページなどで紹介されます。

登録しても、売買・賃貸契約の成立を市が保証するものではなく、市が契約や交渉に介入することもありません。契約は有資格者を介して行うことになり、手数料等の費用が発生する場合があると案内されています。窓口は、長崎市建築部建築指導課(長崎市魚の町4-1・18階、電話 095-829-1174)です(2026年10月18日確認)。

3. 登録できる空き家・断られる空き家|斜面地などで民間では流通していない物件が対象

所有者が登録できるのは、売却または賃貸を検討していて、斜面地などにあり民間で流通していない利用可能な物件です。

反対に、不動産業者が仲介しているなど、一般に流通すると思われる物件は、登録を断る場合があると市は案内しています。つまり、すでに不動産会社の仲介で売り出せる空き家は、空き家バンクではなく売却(仲介)の対象になります。斜面地などにあって、通常の売り出しでは動きにくい空き家は、空き家バンクを選択肢に入れる価値があります。

判断に迷うときは、先に不動産会社へ査定を依頼して、民間の市場で売れる価格帯かどうかを確かめるのが近道です。当社の査定では、根拠にした成約事例を必ずお伝えします。

→ 関連記事: 長崎市の空き家売却を最短で成功させる方法を徹底解説!

4. 手放し方4つの比較|売却・空き家バンク・解体して土地で売る・国庫帰属

手放し方は、売却(仲介)・空き家バンク・解体して土地で売る・相続土地国庫帰属制度の4つで、向く空き家と条件が違います。次の表は、各方法の費用・条件と注意点を、公的機関の案内にもとづいてまとめたものです。

相続土地国庫帰属制度は、建物がある土地は申請できないため、空き家のまま手放す方法ではなく、解体したあとの選択肢です。

5. 長崎市の実例で計算|中央値1,600万円で売った相続の空き家は、控除ありで税額0円、控除なしだと約288万円

長崎市の戸建ての価格の中央値と同じ1,600万円で相続した空き家を売った場合、3,000万円特別控除の要件を満たせば税額は0円で、使えないと約288万円になる計算です。

国土交通省「不動産情報ライブラリ」でデータを確認できる範囲では、長崎市の戸建て(宅地(土地と建物))の取引は2016〜2025年の10年間で3,542件、価格の中央値は1,600万円でした。

次の条件で計算します。いずれも仮定の例で、実際の金額ではありません。

• 売却価格: 1,600万円(長崎市の戸建ての中央値)
• 取得費: 不明のため、売却価格の5%相当額の80万円(概算取得費。国税庁No.3258)
• 譲渡費用: 仲介手数料・測量費・解体費などの合計を100万円と仮定
• 所有期間: 5年を超える長期譲渡として計算(相続した場合の所有期間の数え方は、税理士または税務署にご確認ください)

譲渡所得は、売却価格1,600万円 − 取得費80万円 − 譲渡費用100万円 = 1,420万円です。3,000万円特別控除を使えば、1,420万円は全額控除の範囲に収まり、税額は0円です。控除を使えない場合は、1,420万円に、所得税15%・復興特別所得税(所得税額の2.1%)・住民税5%を合わせた約20.315%がかかり、約288万円(1,420万円×20.315%)になります。

3,000万円特別控除(国税庁No.3306)を使うための主な要件は、次のとおりです。

• 昭和56年5月31日以前に建築された家屋で、区分所有建物登記がされていないこと
• 相続の開始の直前に、被相続人以外に居住していた人がいなかったこと
• 売却代金が1億円以下であること
• 相続の開始があった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ること(平成28年4月1日から令和9年12月31日までの譲渡が対象)
• 譲渡時に一定の耐震基準を満たす家屋か、取り壊した後の敷地を売ること(令和6年1月1日以後の譲渡は、譲渡の翌年2月15日までに耐震改修または全部の取壊しを行う方法もあります)
• 令和6年1月1日以後の譲渡で、取得した相続人が3人以上の場合は、控除額は2,000万円まで

控除を受けるには、確定申告書に所定の書類を添えて、所轄税務署へ提出します。要件は細かく、売り出す前に確認しないと使えなくなることがあります。

→ 関連記事: 長崎市の戸建て売却-築年とエリアで決まる価格帯と売り方

6. 放置のリスク|勧告を受けると固定資産税の住宅用地特例が外れる

空き家を放置して市町村長から勧告を受けると、敷地の固定資産税を軽くしている住宅用地特例の対象から外れます。

住宅用地特例は、小規模住宅用地(200㎡以下の部分)で課税標準が1/6、一般住宅用地(200㎡を超える部分)で1/3に減額される仕組みです。国土交通省の資料では、市区町村長から勧告を受けた特定空家の敷地も、管理不全空家の敷地も、この特例の対象から除外されると示されています。

長崎市の案内でも、特定空家等と判断されると、住宅用地に係る固定資産税等の特例措置の対象から外れる場合があり、その場合は土地の税額が上がるとされています。老朽化した特定空家等の除却を行う人には、除却費の一部(最大50万円)を補助する制度も案内されています。

7. 相続した空き家は先に登記|相続登記は3年以内、怠ると10万円以下の過料

相続で空き家を取得した場合、売却や空き家バンクへの登録の前に相続登記が必要で、取得を知った日から3年以内の申請が義務です。

相続登記の申請義務は令和6年4月1日に始まりました。相続で取得したことを知った日から3年以内(遺産分割で取得した場合は分割の日から3年以内)に申請し、正当な理由なく怠ると、10万円以下の過料が科される可能性があります。令和6年4月1日より前に相続して未登記の不動産は、令和9年3月31日までに登記する必要があります。

手続きを簡易に行える「相続人申告登記」もありますが、権利関係を公示するものではないため、売却や抵当権設定の際には相続登記が必要です。当社は、税理士・司法書士・弁護士・土地家屋調査士と連携しており、登記や相続の手続きは専門家とあわせてご案内できます。

8. 解体するか、そのまま売るか|解体の前に不動産会社と税理士へ確認する

古い空き家を解体してから売るかどうかは、解体の前に不動産会社と税理士へ確認するのが安全です。

3,000万円特別控除では、耐震基準を満たさない家屋は、取り壊して敷地を売る方法が認められています。ただし、取り壊した後の敷地が、事業の用・貸付けの用・居住の用に供されていないことなどの条件があります。解体費は物件によって大きく違うため、見積りが必要です。

相続土地国庫帰属制度は、相続または遺贈で土地を取得した人が申請でき、売買などで自ら取得した人は基本的に利用できません。審査手数料は土地1筆あたり14,000円で、却下や不承認でも返還されず、承認後は10年分の標準的な管理費用を考慮した負担金を納付します。

9. 長崎市で空き家を手放す流れ|登記の確認から確定申告まで6ステップ

手順は、相続登記の確認、現況の確認、査定、方法の決定、売却活動と引渡し、確定申告の順に進めます。

10. よくある質問

空き家バンクと売却について、よくいただく質問に答えます。

11. まとめ

• 長崎市の空き家バンクは、市が売買を仲介する制度ではなく、斜面地などで民間では流通していない物件が対象です。
• 一般に売れる空き家は売却(仲介)を先に検討します。相続した空き家は、要件を満たせば3,000万円特別控除で、中央値1,600万円の計算例では税額が0円でした。
• 相続登記は3年以内が義務で、空き家を放置して勧告を受けると固定資産税の住宅用地特例が外れます。方針は早めに決めましょう。

根拠のない価格は出しません。売れる価格を、帯で正直にお伝えします。

出典(制度の数字は2026年10月18日に確認)

• 長崎市「長崎市空き家・空き地情報バンク」(建築指導課・2025年4月1日更新)
• 国税庁 タックスアンサー No.3306「被相続人の居住用財産(空き家)を売ったときの特例」(令和8年4月1日現在法令等)
• 国税庁 タックスアンサー No.3258「取得費が分からないとき」
• 国税庁 タックスアンサー No.3208「長期譲渡所得の税額の計算」
• 法務省「相続土地国庫帰属制度の概要」
• 法務省「相続登記の申請義務化に関するQ&A」(令和7年3月27日現在)
• 国土交通省「固定資産税等の住宅用地特例に係る空き家対策上の措置」
• 国土交通省「不動産情報ライブラリ」(取引価格情報・2026年9月時点・当社集計)